A Secretaria de Estado da Saúde (SESA) também incentiva os municípios a estruturarem suas Farmácias Cidadãs Municipais para qualificar a assistência farmacêutica na atenção primária à saúde.

Para a sua implantação e recebimento do repasse de recursos da SESA, o município deverá apresentar um projeto arquitetônico para a construção/adequação da Farmácia, contendo áreas específicas para a dispensação, atendimento farmacêutico e estocagem de medicamentos, além de conter infra-estrutura adequada às suas funções.